Hệ vi sinh vật bắt đầu hình thành từ lúc trẻ sinh ra khi trẻ được thừa hưởng vi khuẩn từ mẹ và môi trường xung quanh. Trong tháng đầu đời, vi khuẩn Bifidus thường là vi khuẩn nổi trội trong hệ vi sinh vật vùng, nhưng độ trội cũng có nhiều biến đổi. Nghiên cứu cho thấy hệ vi sinh vật có mối liên hệ mật thiết với hệ miễn dịch, quá trình trao đổi chất và quá trình phát triển thần kinh của trẻ. Điều này có thể ảnh hưởng đến sức khỏe và thể trạng của trẻ, không chỉ khi trẻ còn bé mà suốt tới khi trẻ trưởng thành.

Ở người lớn, hệ vi sinh vật đã phát triển hoàn toàn và thường có đặc điểm là chứa rất nhiều loại vi khuẩn. Độ đa dạng về loại vi khuẩn khác nhau giữa mọi người nên hệ vi sinh vật của mỗi người có nét đặc trưng riêng. Hệ vi sinh vật ở người lớn có mối quan hệ mật thiết với sự hỗ trợ cho nhiều khía cạnh sức khỏe, bao gồm sức khỏe tiêu hóa và sức khỏe miễn dịch. Hệ vi sinh vật ở người lớn tương đối ổn định nhưng nhạy cảm với các nhân tố liên quan đến lối sống, chẳng hạn như chế độ ăn và tâm trạng căng thẳng, v.v.. 

Trong thời kỳ mang thai, nồng độ progesterone tăng lên đáng kể. Hoc-mon này làm giảm độ đa dạng của vi khuẩn đường ruột, đồng thời kích thích vi khuẩn Bifidus và các loại vi khuẩn khác. Phụ nữ mang thai truyền vi khuẩn sang con trong giai đoạn sinh thường và cho con bú, tạo nên hệ vi sinh vật ở trẻ sơ sinh. 

Hệ vi sinh vật đường ruột của người già có đặc điểm là có độ đa dạng về vi khuẩn thấp hơn, thường thay đổi về loài vi khuẩn nổi trội và giảm độ nhiều vi sinh vật có lợi, chẳng hạn như lactobacilli và Bifidus. Những biến đổi này là kết quả của những lần thay đổi về đường ruột và chế độ ăn, những nhân tố liên quan đến quá trình lão hóa từ từ.