Mikrobiom zaczyna kształtować się przy porodzie, gdy dziecko wchodzi w kontakt z bakteriami pochodzącymi od matki i z otoczenia. W pierwszych miesiącach życia bifidobakterie wydają się być najbardziej dominującymi bakteriami w mikrobiocie, ale obserwuje się wiele fluktuacji. Badania wykazały, że mikrobiom jest ściśle związany z rozwojem układu odpornościowego, metabolicznego i neurologicznego dziecka, co może mieć wpływ na jego zdrowie i samopoczucie, nie tylko w okresie dorastania, ale także w dorosłym życiu.

U dorosłych mikrobiom jest w pełni rozwinięty i zwykle charakteryzuje się dużą obfitością i różnorodnością bakterii. Obfitość różnych rodzajów bakterii różni się w zależności od osoby, więc każdy z nas ma unikalny profil mikrobioty. Mikrobiom u osób dorosłych został ściśle powiązany ze wspomaganiem wielu aspektów zdrowia, w tym prawidłowego działania układu trawiennego i odpornościowego. Mikrobiom osoby dorosłej jest stosunkowo stabilny, ale jest wrażliwy na czynniki stylu życia, takie jak dieta i stres, aby wymienić kilka z nich.

W czasie ciąży poziom progesteronu znacznie wzrasta. Hormon ten zmniejsza różnorodność bakterii jelitowych, jednocześnie stymulując bifidobakterie i inne rodzaje bakterii. Bakterie kobiety w ciąży przenoszą się na dziecko podczas porodu pochwowego i karmienia piersią, zasiewając mikrobiom dziecka.

Mikrobiota jelitowa osób starszych charakteryzuje się mniejszą różnorodnością bakterii, zmianami w dominujących gatunkach bakterii oraz spadkiem obfitości korzystnych mikroorganizmów, takich jak lactobacilli i bifidobakterie. Jest to następstwem zmian w jelitach i diecie oraz czynników związanych z procesem stopniowego starzenia się.