Il microbioma inizia a formarsi alla nascita quando il neonato riceve i batteri della madre e dell'ambiente circostante. Durante i primi mesi di vita, i bifidobatteri tendono a essere i batteri dominanti nel microbiota, ma si osservano molte fluttuazioni. Studi hanno dimostrato che il microbioma è strettamente correlato allo sviluppo immunitario, metabolico e neurologico del bambino, che può influire sulla sua salute e benessere, non solo in quanto bambino ma fino all'età adulta.

Negli adulti, il microbioma è completamente formato e di solito è caratterizzato da una grande ricchezza ed eterogeneità di batteri. L'abbondanza di molti tipi di batteri varia da persona a persona, quindi tutti hanno un profilo di microbiota unico. Il microbioma dell'adulto è stato strettamente collegato al supporto di molti aspetti della salute, tra cui la salute digestiva e immunitaria. Il microbioma dell'adulto è relativamente stabile, ma è sensibile a fattori legati allo stile di vita come la dieta e lo stress, per citarne solo alcuni. 

Durante la gravidanza, i livelli di progesterone aumentano notevolmente. Questo ormone riduce la diversità dei batteri intestinali, stimolando al contempo i bifidobatteri e altri tipi di batteri. I batteri provenienti dalla donna in gravidanza si trasferiscono al bambino durante la nascita con parto vaginale e l'allattamento al seno, facendo germinare il microbioma del bambino. 

Il microbiota intestinale degli anziani è caratterizzato da una minore diversificazione batterica, da cambiamenti nelle specie batteriche dominanti e da una diminuzione dell'abbondanza di microrganismi benefici, come il lactobacillo e il bifidobatterio. Questi cambiamenti sono il risultato di alterazioni nell'intestino e nella dieta, fattori associati al processo di invecchiamento graduale.