Das Mikrobiom beginnt bei der Geburt sich auszubilden, wenn das Baby mit Bakterien der Mutter und aus der Umgebung besiedelt wird. In den ersten Lebensmonaten sind tendenziell Bifidobakterien die dominanten Bakterien in der Mikrobiota, aber die Schwankungsbreite ist groß. Studien haben gezeigt, dass das Mikrobiom eng mit der Immun-, Stoffwechsel- und neurologischen Entwicklung des Babys verknüpft ist. Dies kann sich auf die Gesundheit und das Wohlbefinden des Babys bis ins Erwachsenenalter hinein auswirken.

Bei Erwachsenen ist das Mikrobiom vollständig etabliert und zeichnet sich in der Regel durch eine große Reichhaltigkeit und Vielfalt an Bakterien aus. Der relative Anteil der vielen Arten von Bakterien ist von Person zu Person unterschiedlich, so dass jeder Mensch ein einzigartiges Mikrobiota-Profil aufweist. Das Mikrobiom Erwachsener wurde in engen Zusammenhang mit der Unterstützung vieler gesundheitlicher Aspekte gebracht, unter anderem mit der Gesundheit des Verdauungs- und Immunsystems. Das Mikrobiom von Erwachsenen ist relativ stabil, reagiert aber empfindlich auf Faktoren der persönlichen Lebensführung, wie beispielsweise Ernährung und Stress, um nur einige zu nennen. 

Während der Schwangerschaft steigt der Progesteronspiegel deutlich an. Dieses Hormon reduziert die Vielfalt der Darmbakterien und stimuliert gleichzeitig Bifidobakterien und andere Arten von Bakterien. Bakterien übertragen sich während der vaginalen Geburt und Stillzeit von der schwangeren Frau auf das Baby und besiedeln das Mikrobiom des Babys. 

Die Darmmikrobiota älterer Menschen zeichnet sich durch eine geringere bakterielle Vielfalt, Verschiebungen der dominanten Bakterienarten und einen Rückgang der relativen Anteile nützlicher Mikroorganismen, wie beispielsweise Laktobazillen und Bifidobakterien, aus. Diese Verschiebungen sind das Ergebnis von Veränderungen im Darm und in der Ernährung, Faktoren also, die mit dem allmählichen Alterungsprozess in Verbindung stehen.