マイクロバイオームは、出生時にお母さんや周囲の環境から細菌がもたらされることによって、その形成が始まります。 生後数ヶ月間は、ビフィズス菌が微生物群の中で最も優勢な細菌になる傾向がありますが、これは大きく変動することもあります。 研究により、この微生物は赤ちゃんの免疫、代謝、神経の発達に密接に関連しており、赤ちゃんの健康と幸福にも影響を及ぼすだけでなく、成人期に至るまで影響する可能性があることが示されています。

成人では、マイクロバイオームは完全に確立されており、通常、非常に豊富で多様な細菌を保持しています。 細菌の種類は人によって異なるため、それぞれに固有の細菌プロファイルがあります。 成人のマイクロバイオームは、消化器系や免疫系など、健康の多くの側面を支えています。 成人のマイクロバイオームは比較的安定していますが、食事やストレスなどの生活習慣の要素に影響を受けます。  

妊娠中は、プロゲステロン値が大幅に上昇します。 このホルモンは腸内細菌の多様性を減少させる一方、ビフィズス菌や他の種類の細菌を刺激します。 妊婦の細菌が分娩時や授乳時に赤ちゃんに伝播し、赤ちゃんのマイクロバイオームの種となります。 

高齢者の腸内細菌では、多様性の低下、優勢種の変化、乳酸菌やビフィズス菌などの有益な微生物の減少が見られます。 加齢による腸と食事の変化の結果として、このような変化が生じます。