El microbioma empieza a formarse durante el nacimiento, cuando el bebé recibe bacterias de la madre y del entorno que lo rodea. En los primeros meses de vida, las bifidobacterias tienden a ser las más dominantes en la microbiota, pero puede haber muchas fluctuaciones. Se ha demostrado en estudios que el microbioma está estrechamente relacionado con el desarrollo inmunitario, metabólico y neurológico del bebé, lo que puede afectar a su salud y bienestar, no solo en la niñez, sino también en la edad adulta.

En los adultos, el microbioma está totalmente establecido y normalmente se caracteriza por una gran cantidad y diversidad de bacterias. La abundancia de los muchos tipos de bacterias varía de una persona a otra, por lo que cada una tiene un perfil único en su microbiota. El microbioma adulto se ha relacionado estrechamente con muchos aspectos de una buena salud, incluida la salud digestiva e inmunitaria. Aunque relativamente estable, el microbioma adulto es sensible a factores del estilo de vida, como la dieta y el estrés, por nombrar solo algunos. 

Durante el embarazo, los niveles de progesterona aumentan considerablemente. Esta hormona reduce la diversidad de las bacterias intestinales y, al mismo tiempo, estimula las bifidobacterias y otros tipos de bacterias. Las bacterias de una mujer embarazada se transfieren al bebé durante el parto vaginal y la lactancia, pasando a formar parte del microbioma del bebé. 

La microbiota intestinal de las personas ancianas se caracteriza por una menor diversidad bacteriana, cambios en las especies de bacterias dominantes y una disminución de la cantidad de microorganismos beneficiosos, como lactobacilos y bifidobacterias. Estas diferencias son el resultado de alteraciones en el intestino y la alimentación, factores que se asocian al proceso gradual de envejecimiento.