Микробиом начинает формироваться при рождении, когда ребёнок получает бактерии от матери и из окружающей среды. В первые месяцы жизни бифидобактерии, как правило, доминируют в микробиоте, но бывают различные отклонения от нормы. Исследования показали, что микробиом тесно связан с правильным метаболизмом, функционированием иммунной системы и неврологическим развитием ребёнка, что может повлиять на его здоровье и самочувствие не только в первые годы жизни, но и в старшем возрасте.

У взрослых микробиом полностью сформирован и, как правило, характеризуется разнообразием бактерий. У каждого человека преобладают разные бактерии, это означает, что все мы имеем свой уникальный профиль микробиоты. Микробиом взрослого человека тесно связан с функционированием пищеварительного тракта, иммунитета и других систем, определяющих здоровье человека. У взрослых людей микробиом относительно стабилен, но чувствителен образу жизни (диете, стрессу и другим факторам). 

Во время беременности уровень прогестерона значительно повышается. Этот гормон уменьшает разнообразие кишечных бактерий, одновременно стимулируя развитие бифидобактерий и бактерий других типов. От беременной женщины бактерии передаются ребёнку во время вагинальных родов и грудного вскармливания, формируя микробиом ребёнка. 

Кишечная микробиота пожилых людей характеризуется меньшим разнообразием бактерий, доминирующие виды бактерий меняются, и уменьшается численность полезных микроорганизмов, таких как лактобактерии и бифидобактерии. Эти изменения являются результатом изменения диеты и функции пищеварительного тракта – факторов, связанных с постепенным старением.